Det sista målet kom på straff i den 87:e minuten. Johan Nilsson blev fälld och Johan Söderstam klev fram och sköt hur säkert som helst de tre poängen till hemmalaget.
Söderstam låg även bakom 1-1-målet.
Hans fina skott bäddade för returen som Markus Kronblad utnyttjade.
– Kronblad gjorde en kanonmatch, Söderstam var vass när han kom in, liksom Nana Piesie och Akil Abrahim är ett jättelöfte.
– Överhuvudtaget tror jag att vi har seriens bredaste trupp och visst var vår seger förtjänt? I den andra halvleken kom de ju knappt över mittlinjen, sa Malmö City FC-tränaren Magnus "Bloody" Nilsson.
Efter en svit suveräna träningsmatcher har Malmö City blandat och gett i seriespelet. Det ungdomligt betonade laget har haft problem med att få utdelning på det oftast fina spelet.
– Många matcher har sett ut på det viset att vi skapat massor, men också missat mycket. Så var det ju faktiskt idag också, påpekade Magnus Nilsson.
Nana Piesie fick ett friläge och Johan Nilsson ett. Överhuvudtaget höll Balkan ofta på att bli straffat när City vände spelet.
Balkans mål gjordes av Jeton Krasniqi sedan Malmös Citys fjärdemålvakt José Canabate missat en inspark. Annars var han klart godkänd. Balkan hade också en reserv i mål: Mirza Nezirevic, som var klart bättre än godkänd.