Orsaken är kylan, och gästerna väntas bara stanna tillfälligt.
– De vill ha höga träd att häcka i, och det kan vi ju inte erbjuda, säger Hans Ohrt, miljökonsult på Seacon som övervakar växt- och djurlivet på ön, i ett pressmeddelande.
Havsörnarna började dyka upp i slutet av januari. När isen lägger sig på de skånska sjöarna söker sig fåglarna till Öresunds öppna vatten.
Havsörn har sedan tidigare förekommit på Saltholm strax intill, och den kan jaga både på öarna och i vattnet mellan dem.
Bytet är framför allt andra fåglar som i sin tur lockas till området med dess låga vattenstånd för att hitta sjögräs, musslor och fisk.
Även pilgrimsfalk förekommer på Pepparholm, och den första häckningen skedde förra året.