Magnus Rosenberg menar att noggranna överläggningar ligger bakom beslutet.
Han menar att en EU-medborgare som huvudregel har närmast obefintliga möjligheter att få stanna i Sverige.
Några synnerligen ömmande omständigheter, som skulle kunna göra att huvudregeln frångås, föreligger inte i det här fallet, har myndigheten kommit fram till.
Att det inte är utrett var modern eller fadern faktiskt finns påverkar inte på ett avgörande sätt Migrationsverkets handläggning, uppger Rosenberg.
- Det ligger i socialtjänstens uppdrag att efterforska var modern finns.